Ученые обнаружили 2 500 000 неизвестных белков в микрофлоре человека

Ученые сравнили 1773 человеческих метагеномов и обнаружили около четырех тысяч белковых семейств, большая часть которых не была ранее описана из-за своего небольшого размера.

Ученые обнаружили 2 500 000 неизвестных белков в микрофлоре человека

Обычно, при аннотации нового генома короткие последовательности игнорируются. Это связано с тем, что можно принять случайный участок генома за настоящий ген. При этом коротких белков в базе данных мало, что усложняет поиск новых последовательностей по сходству с известными на данный момент. Также при обнаружении похожих участков необходимо доказать, что это родственные последовательности, а не случайные совпадения.

Хила Сберро и ее коллеги использовали комбинацию генетических данных из открытого доступа, с помощью которой нашли и описали около четырех тысяч белковых семейств, большая часть которых оказалась новыми и не имела родственниках в существующих на данный момент базах данных.

Ученые попытались выяснить что делают найденные белки. Они выделили консервативные широко распространенные белки домашнего хозяйства, местоспецифичные белки, которые характерны, например, только для метагеномов ротовой полости или кишечника. Также ученые обнаружили новый рибосомальный белок. Кроме того, исследователям удалось выявить 30% белковых семейств, в последовательностях которых нашелся трансмембранный домен и секреторная метка. По их мнению, они участвуют во взаимодействии между клетками.

Ученые считают, что важность коротких белков сильно недооценена. Из-за трудностей, связанных с их выявлением, они не сильно представлены в базах данных, хотя их на самом деле довольно много и они играют важную роль в жизни клеток.

 

Фото: Fotolia / Alexander Raths

Подписывайтесь на наш Дзен-канал! Только персональные подборки новостей в новом digital-пространстве!