История духовного училища началась с открытия в 1801 году при якутском Спасском монастыре духовной школы. В 1858 году в Якутск из Ситхи (Аляска) перевели Новоархангельскую духовную семинарию.
В апреле 1920 года все духовные учебные заведения Якутска были закрыты.
В 2006 году по благословению Патриарха Алексия II и решением Священного Синода училище возобновило деятельность. Позже оно было преобразовано в Якутскую духовную семинарию.
Фото: из открытых источников